このバーチャルコンソールにおける各プラットフォーム（ハード）のコントローラのボタン配置は、一部のソフト説明書などを参考に作成しています。ソフトによってはこの通りでない場合があります。ダウンロードした際は、「説明書」にて一度ご確認下さい。
「MSX」に関しては純正コントローラがありませんので割愛しております。

　バーチャルコンソール対応コントローラボタン配置

■NINTENDO64■

ニンテンドー64実機のコントローラが特長的な形状の為、キューブコン・クラコン共にかなり違和感があります。特に「Zトリガーボタン」は使用頻度が高いが配置が大きく違う為使いづらいです。「Cボタンユニット」は補助的な役割が多い為まだマシですが、いずれもボタンではなくレバーであるため慣れが必要です。キューブコン・クラコン共にボタン配置にそれほど差はないので、好みのコントローラを使い込んで慣れるしかないというのが現状です。バーチャルコンソールサービス開始当初から言われていますが「N64型クラシックコントローラ」を是非とも実現させて欲しいところです。
※「NINTENDO64」ソフトは、ソフトごとにボタン配置が異なり、下記ボタン配置図通りでない場合があります。主に、「Zトリガーボタン」が「Lトリガーボタン」にあたるボタンへ、「Cボタンユニット」の一部ボタンが「x・y（X・Y）ボタン」へ割当てられています。

NINTENDO64コントローラ

ゲームキューブコントローラ　

Wiiリモコン

クラシックコントローラ

■スーパーファミコン■

クラコンはスーパーファミコン実機と形状がほぼ同じであるため使い勝手は良いが、「L・Rボタン」がアナログ仕様であるため強く押し込む必要があります。「格闘ゲーム」においては「コンフィグ機能」が装備されていることが多いので上手く対応しましょう。キューブコンは「L・Rボタン」がクラコン同様アナログ仕様でボタン配置が特殊なので、素直にクラコン使用をお勧めします。非売品「スーパーファミコン型クラコン」があれば、これに勝るコントローラはないでしょう。

スーパーファミコンコントローラ

ゲームキューブコントローラ　

Wiiリモコン

クラシックコントローラ

■ファミリーコンピュータ■

どのコントローラも「十字ボタン」がファミコン実機より一回り小さい印象。しかしながら、大きな問題ではないでしょう。あえて言うなら、Wiiリモコンの場合「スタート・セレクトボタン」が離れていて瞬間的に押しづらいということぐらいでしょうか。ちなみに、リモコンの厚み・幅はジャケットを装着していても、それほど気になりません。

ファミコンコントローラ

ゲームキューブコントローラ　

Wiiリモコン

クラシックコントローラ

■PCエンジン■

基本的にファミコンと同様の配置です。違いは「連射ボタン」が用意されいることでしょう。キューブコン・クラコンは「連射ボタン」の配置も問題ありません。しかしWiiリモコンは、連射ボタン配置にかなり無理があり、連射ボタンを使用したい場合は、キューブコン・クラコンの二択になるでしょう。また、PCエンジン実機同様、「セレクトボタン」、「ランボタン」に該当するボタンの同時押しでソフトリセットが可能です。

PCエンジンコントローラ

ゲームキューブコントローラ　

Wiiリモコン

クラシックコントローラ

■メガドライブ■

Wiiリモコンは、とりあえず対応させたという印象。ただ、「A・Bボタン」の2ボタン使用のソフトは、「Cボタン」は「Aボタン」とおなじ役割であるため問題なく使用できるでしょう。キューブコンはボタンの形状がそれぞれ異なりますが、メガドライブ実機同様に横並びになるため馴染みやすいかと思われます。
また、メガドライブでは「ファイティングパッド6B」という6ボタンパッドがありますが、クラコン・キューブコンはこれにも対応しています。しかし、配置は空いているボタンへ割当てただけという感じで、ソフトによってはかなり使いづらいかもしれません。ただ、6ボタン対応ソフトは格闘ゲームが主で、キーコンフィング機能が搭載されている場合が多いのが救いでしょうか。
ちなみにWiiリモコンで6ボタン対応ソフトをプレイする場合、「スタートボタン」で切替えて（A・B・Cボタン⇒X・Y・Zボタン）操作することが可能ですが、当然まともに操作できません。

メガドライブコントローラ

ゲームキューブコントローラ　

Wiiリモコン

クラシックコントローラ

■マスターシステム■

方向キーと2ボタンのシンプルはコントローラですが、バーチャルコンソールでは特長的な配置となっています。マスターシステム実機では「スタートボタン」は「1ボタン」と兼用となっており、「ポーズボタン」は本体へ装備されています。VCでは「1、2ボタン」に該当するボタンが「スタートボタン」を兼ね、「ポーズボタン」は他ハードと違いポーズ機能のみとなります。
そして、実機では本体に装備されている連射スイッチ「ラピッドファイヤ」は、VCでは「ラピッドファイヤボタン」と連射したいボタンを同時押しすることで連射となり、もう一度同様の操作を行うと連射を解除できます。また、この操作はポーズ中でも可能です。クラコン・キューブコンで「連射」と表記されているボタンは、この操作に関わらず常時連射となります。

マスターシステムコントローラ

ゲームキューブコントローラ　

Wiiリモコン

クラシックコントローラ

■NEOGEO■

クラコンは「ネオジオCDのパッド」と同様のボタン配置なので、同機を所有していた方は馴染みやすいでしょう。キューブコンはボタンの形状こそ異なりますが3つ並びの利点を生かしたボタン配置になっています。Wiiリモコンは2ボタン使用ソフト限定といってもいいのではないでしょうか。「ネオジオ」ファン、または「格闘ゲーム」ファンなら「スティック型コントローラ」の購入を視野に入れても良いかもしれません。

NEOGEOコントローラ

ゲームキューブコントローラ　

Wiiリモコン

クラシックコントローラ